O Mestrado em Biologia da Conservação é um Mestrado de 2 anos (120 ECTS).

O primeiro ano consiste na frequência de Unidades Curriculares. As Unidades Curriculares nucleares do Mestrado são lecionadas em módulos sequenciais. Uma Unidade Curricular de 6 ECTS tem uma duração de 3 semanas e uma Unidade Curricular de 3 ECTS tem uma duração de 1,5 semanas.

Esta organização modular permite que os alunos se dediquem exclusivamente a uma Unidade Curricular de cada vez e acumulem conhecimentos e formação prática ao longo do ano. Uma vez que os alunos dedicam todo o seu tempo a uma Unidade Curricular de cada vez, recebem um treino prático contínuo, envolvendo treino em processamento e análise de dados. No segundo semestre, a organização modular permite a realização de saídas de campo de até 1 semana, que garantem a aprendizagem prática no terreno.  A avaliação de cada Unidade Curricular realiza-se durante ou no fim de cada módulo. É obrigatória a participação nas saídas de campo.

As disciplinas opcionais (6 ECTS por semestre) podem ter uma organização modular ou uma duração de meio ou um semestre.

Veja o Cronograma de 2015/16 em baixo como exemplo da organização de um primeiro ano.

No segundo ano, os alunos trabalham na sua Dissertação (57 ECTS), realizando um projeto de investigação. Este projeto pode ser desenvolvido dentro ou fora da ULisboa.

No primeiro semestre do segundo ano, enquanto já decorrem os trabalhos conducentes à Dissertação, os alunos realizam a Unidade Curricular Projeto em Biologia da Conservação (3 ECTS) na qual elaboram e apresentam o seu plano de Mestrado.

No fim do segundo ano os alunos escrevem a sua Dissertação de Mestrado e defendem o seu trabalho numa defesa pública.